INRA Mét@Risk
Méthodologies d'analyse de risque alimentaire
16, rue Claude Bernard
75231 Paris cedex 05

INRA GMPA
Génie et Microbiologie des Procédés Alimentaires
Avenue Lucien Brétignières
78850 Thiverval Grignon

Sujet de stage de master M2

Construction d'un corpus de connaissances sur un système de production
et de stabilisation de cellules microbiennes

Contacts : liliana.ibanescu@agroparistech.fr,
caroline.penicaud@grignon.inra.fr, lydie.soler@paris.inra.fr

La production et la stabilisation de cellules microbiennes est un
enjeu majeur pour de nombreuses bio-industries, représentant un marché
de 144 milliards de dollars en 2010 et qui devrait atteindre 259
milliards de dollars en 2016. Les procédés employés sont très
énergivores, et face au contexte énergétique actuel, des améliorations
voire des alternatives doivent être envisagées. Au-delà de la question
de l'énergie, c'est la durabilité du système qui est mise en question,
intégrant la dimension d'épuisement des ressources (énergie, eau,
matières premières) mais aussi l'impact sur l'environnement
(e.g. réchauffement climatique) ou sur la santé humaine
(e.g. production de composés toxiques). Cependant, l'amélioration de
la durabilité du procédé ne peut pas se faire sans tenir compte des
contraintes spécifiques aux bioproduits, qui sont très fragiles et
subissent de fortes dégradations au cours des procédés. Les critères
d'évaluation de la qualité du bioproduit au cours des différentes
opérations sont liés à l'état physiologique des cellules et mesurables
à différents niveaux d'échelle (génétique, moléculaire, cellulaire,
population). L'intégration des différents critères (qualité du
bioproduit, performance du procédé, impact environnemental) pour
optimiser globalement le système est nécessaire dans l'optique de
développer des procédés plus durables tout en préservant la qualité
des micro-organismes.

L'objectif de ce stage est de constituer un corpus de connaissances et
un thésaurus pour la représentation in silico globale d'un système de
production et de stabilisation de cellules microbiennes intégrant les
différentes étapes de production, les niveaux d'échelle nécessaires à
la description de la fonctionnalité du produit, et, les entrées et
sorties liées à l'impact environnemental, tout en prenant en compte la
composante économique du système.  Ce stage sera réalisé dans le cadre
d'une collaboration entre deux équipes de deux unités INRA, l'équipe «
Ingénierie des connaissances » de l'unité Mét@risk qui travaille en
particulier sur la constitution de bases de connaissances et la
construction d'ontologies et l'équipe « Bioproduits - Aliments -
Micro-organismes - Procédés » de l'unité GMPA qui travaille en
particulier sur l'objet d'étude de ce stage.

Les étapes du travail seront les suivantes:

1- Extraction de connaissances issues de sources identifiées et du Web
pour élaborer et enrichir le corpus de connaissances ;

2- Prise en compte du caractère multi-échelles du système dans la
construction du corpus de connaissances ;

3- Construction d'un thésaurus permettant de représenter la
connaissance du corpus de façon structurée et hiérarchique

Lieu du stage: AgroParisTech (Paris ou Grignon), durée de 6 mois,
stage rémunéré