Proposition de stage de master 2

SERVICE WEB : FILTRAGE DE LA LITTÉRATURE SCIENTIFIQUE

Natalia Grabar (natalia.grabar@spim.jussieu.fr), Isabelle Colombet
(isabelle.colombet@spim.jussieu.fr)

UMR 872 EQ 20, Centre des Cordeliers ; HEGP/AP-HP


CONTEXTE. 
Cette proposition de stage s'inscrit dans le paradigme de la médecine
fondée sur les preuves (EBM). EBM consiste à fonder les décisions
médicales sur des preuves scientifiques authentifiées. Le niveau de
preuve est établi grâce aux revues systématiques de la littérature
biomédicale. Ces revues sont extrêmement lourdes à mettre en place et
à réaliser du fait du volume important de la littératude à analyser et
filtrer. Une aide automatique à la réalisation de revues systématiques
s'avère nécessaire.


OBJECTIFS DU STAGE. 
Une des étapes des revues systématiques, qui correspond à l'examen
sélectif des publications, est l'étape clé. En effet, l'oubli de
certaines études peut aboutir à des résultats biaisés et à des niveaux
de preuve insuffisants.  L'objectif de ce stage est de répondre à ce
besoin car très peu est fait pour assister les revues. Afin de
faciliter le processus de sélection d'articles, nous proposons
d'utiliser les méthodes d'analyse textuelle et sémantique au travers
un service Web dédié.
Le stagiaire aura pour objectif d'implémenter une première version de
ce service Web, selon les spécifications fournies.

Il devra en particulier : 
- compiler une liste unique de références bibliographiques provenant
  de différentes bases,
- collecter et intégrer les résumés des articles scientifiques à
  analyser [1]
- intégrer les connaissances du domaine [2] dans le processus de tri
  et de filtrage des résumés


DÉROULEMENT DU STAGE. 
Le stage sera encadré par un chercheur en informatique biomédicale et
en TAL, et co-encadré par un médecin. 
Il s'agit d'un stage de 6 mois rémunéré. 
Le stage se déroulera dans l'équipe Inserm du Centre de Recherche de
Cordeliers (Paris 06).

Le CV et une lettre de motivation sont à envoyer à Natalia Grabar.


RÉFÉRENCES

[1] NLM . Medline : medical literature on-line. National Library of
Medicine, Bethesda, Maryland, 2008. www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez.
[2] NLM . UMLS Knowledge Sources Manual. National Library of Medicine,
Bethesda, Maryland, 2007. www.nlm.nih.gov/research/umls/.