Bonjour,

Un sujet de stage est proposé dans le cadre plus large d'un projet de
recherche réunissant plusieurs laboratoires : LORIA (Nancy), GREYC
(Caen) - LIPN (Paris 13), INSERM (Paris) et MoDyCo (Paris 10). Ce projet
a pour objectif d'extraire des informations à partir de textes
biologiques et médicaux sur les maladies orphelines (dites aussi
maladies rares) pour apporter une aide automatique à l'enrichissement
d'une base de connaissances, notamment du site d'information Orphanet
dédié à ce type de maladies. Pour une présentation générale du projet et
de quelques résultats en particulier, on pourra consulter le site dédié :
http://hybride.loria.fr/

Le stage portera plus précisément sur le repérage des symptômes liés à
ces maladies dans des textes scientifiques en anglais. Plusieurs
techniques ont été déjà développées dans le cadre du projet, notamment
la fouille de données, l'analyse syntaxique et les CRF (Conditionnal
Random Fields). Les programmes informatiques développés et des jeux de
corpus seront fournis.  Il s'agira de les expérimenter afin de comparer
leurs avantages et leurs défauts, puis on cherchera à améliorer les
résultats en proposant une combinaison de ces techniques.

Quelques références bibliographiques :

Laure Martin, Delphine Battistelli, Thierry Charnois (2014). Symptom
recognition issue, in Proceedings BioNLP 2014 (13th Workshop on
Biomedical Natural Language Processing), held in conjunction with
ACL'2014 (52nd Annual Meeting of the Association for Computational
Linguistics), 26-27 juin 2014, p.107-111, Baltimore, USA.

Laure Martin, Delphine Battistelli, Thierry Charnois (2014). Mise en
place d'une méthode de reconnaissance des symptômes dans le contexte des
maladies rares, in Actes Atelier Ingénierie des Connaissances et Santé,
IC 2014 (25es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances), 13
mai 2014, 8 pages, Clermont-Ferrand.

Jean-Philippe Métivier, Laurie Serrano, Thierry Charnois, Bertrand
Cuissart and Antoine Widlöcher (2015). Automatic symptom extraction from
texts to enhance knowledge discovery on rare diseases, in proceedings of
the Conference on Artificial Intelligence in Medicine (AIME 2015),
Lecture Notes in Computer Science 9105, Springer 2015, pp.  249-254,
Pavia, Italy, June 17-20, 2015.

Encadrement : Delphine Battistelli (Laboratoire MoDyCo, Université Paris
10) et Thierry Charnois (Laboratoire LIPN, Université Paris 13)

Rémunération : selon la réglementation en vigueur, soit environ 540
euros mensuel, plus prise en charge partielle des frais de transport
(50% de l'abonnement navigo entre la résidence et le lieu du
stage). Durant le stage, des réunions de travail pourront avoir lieu sur
le site des partenaires du projet. Ces déplacements seront entièrement
pris en charge financièrement.

Durée : 4-5 mois

Profil recherché :
- Niveau : Master 2 ou ingénieur dernière année
- Domaine de spécialité requis: TAL ou Informatique avec connaissances
  en  apprentissage ou TAL

Candidature : envoi d'un CV à delphine.battistelli@u-paris10.fr et
Thierry.charnois@lipn.univ-paris13.fr accompagné d'une lettre de
motivation ainsi que des notes de l'année universitaire en cours et de
l'année dernière.