Stage de Master et d'Ingénieur 2016-2017 :

Intégration et visualisation de données issues du projet Patrimoine Numérique
Scientifique du Cirad

Sandrine Auzoux, Sophie Fortuno, Mathieu Roche

Cirad - Campus de Lavalette

sandrine.auzoux@cirad.fr, sophie.fortuno@cirad.fr, mathieu.roche@cirad.fr


Contexte

Le projet Patrimoine Numérique Scientifique (PNS) du Cirad 1 est un
chantier d'Établissement lancé en 2013, qui vise à gérer, conserver et
valoriser les données scientifiques ou données de la recherche
produites par l'établissement et ses partenaires. Dans ce contexte, de
nombreux groupes de travail ont permis de contribuer à
l'identification des données et d'experts pouvant porter/constituer
des cas d'étude thématiques très prometteurs (Roche et al., 2015).  De
manière concrète, les unités de recherche du Cirad 2 se sont fortement
mobilisés pour constituer un inventaire précis de données importantes
du Cirad (cf. Figure 1). Les jeux de données inventoriés contiennent
un certain nombre d'informations (meta-données), par exemple, type de
données, pays d'exécution, couverture temporelle, thématiques Cirad,
auteurs, etc.

FIGURE 1: Interface de l'inventaire des données du Cirad.


Travail à réaliser

Le travail demandé dans le cadre de ce stage, détaillé en section 2,
consiste à (a) intégrer et normaliser les données structurées issues
de l'inventaire et de fournir des visualisations adaptées (Liu et al.,
2014), (b) mettre en relation les données de l'inventaire avec les
publications scientifiques issues d'Agritrop 3 via plusieurs entrées :
informations thématiques (mots-clés), auteurs, informations spatiales,
informations temporelles.

Dans le cadre de ce stage, quatre tâches principales devront être
réalisées :

- Analyse et pré-traitement des données issues de l'inventaire
Cirad. Le prétraitement sera essentiellement dédié à la normalisation
de certaines données et/ou meta-données (par exemple, les mots-clés).

- Mise en relation des données de l'inventaire avec les publications
  d'Agritrop (cf. Figure 2).

- Visualisation des données via les bibliothèques javascript Ext JS 4
  et D3.js (https ://d3js.org/ - cf. Figure 3).

- Rédaction d'un rapport incluant la description détaillée du
protocole reproductible (workflow) sur d'autres en- sembles de données
et métadonnées.

FIGURE 2: Exemple de publication issue d'Agritrop (archive ouverte des
publications scientifiques du Cirad).

L'application sera développée à partir des données de l'inventaire, en
particulier les données de UPR AIDA (Agroécologie et intensification
durable des cultures annuelles) 5 qui a recensé 146 jeux de
données. La généralisation aux autres unités de recherche sera
également effectuée. Une réflexion pour intégrer ces propositions dans
le cadre du projet étendard S TRADIV (System approach for the
TRAnsition to bio-DIVersified agroecosystems) sera également menée.

Références

LIU S., CUI W., WU Y. & LIU M. (2014). A survey on information
visualization : recent advances and challenges. The Visual Computer,
30(12), 1373-1393.

ROCHE M., FORTUNO S., LOSSIO -VENTURA J. A., AKLI A., BELKEBIR S.,
LOUNIS T. & TOURE S. (2015). Ex- traction automatique des mots-clés à
partir de publications scientifiques pour l'indexation et l'ouverture
des données en agronomie. Cahiers Agricultures, 24(5), 313-320.


FIGURE 3: Librairie javascript D3.js.