Offre de stage de niveau Master 2 Fouille de bases bibliographiques pour extraire les interactions entre l'alimentation et les médicaments Grâce aux avancées de la recherche, l'activité des professionnels et la participation de la communauté, les informations et les connaissances concernant une question donnée sont actuellement distribuées entre différentes sources, comme par exemple les bases bibliographiques, les bases de connaissances ouvertes, les réseaux sociaux, etc. Il se pose alors la question de l'accès efficace et rapide à ces informations et connaissances et à leur croisement [1]. Le contexte du travail s'inscrit dans le domaine médical. L'intérêt central concerne l'extraction des informations sur les interactions entre l'alimentation et les médicaments. Les aliments peuvent en effet avoir des interactions avec les médicaments et cela peut mener à des conséquences malheureuses pour le patient. Ces interactions sont très peu étudiées. DrugBank [2], qui est la base de connaissances la plus complète sur cette question, propose des informations textuelles sur les interactions pour moins de 10 % de médicaments. De plus, ces informations concernent essentiellement le moment de prise des médicaments (par exemple, pendant le repas). De manière générale, il peut exister trois types d'interactions: (1) diminution ou suppression de l'action du médicament sous l'effet d'un aliment ; (2) augmentation de l'effet du médicament ; (3) apparition de nouveaux effets indésirables du médicament. Le pomelo, qui est un exemple bien connu, a des interactions avec plusieurs médicaments à cause de son principe actif qui inhibe les enzymes des médicaments, ce qui peut causer le surdosage de ces médicaments [3,4]. D'autres aliments peuvent avoir des interactions, comme par exemple l'alcool, les cranberries, les tomates, le thé vert, les épinards ou le curcuma. Ce stage s'inscrit dans le projet ANR MIAM (Maladies, Interactions Alimentation-Médicaments). Pour la réalisation du stage, des méthodes de Traitement Automatique de la Langue et de fouille de textes seront utilisées. Plus spécifiquement, il s'agit des objectifs suivants: - travailler avec des corpus de textes de différents types et provenant de différentes sources - exploiter et améliorer les annotations des textes avec différents niveaux de spécificité - exploiter, adapter ou développer des méthodes pour l'extraction d'informations - faire le lien avec les bases de données et de connaissances existantes - évaluer les méthodes et les résultats Le stagiaire sera amené à utiliser des outils TAL existants et à développer ses propres programmes pour mieux analyser les données. Prérequis: - connaissances en TAL et en informatique - manipulation et test des outils de TAL - habitude de Linux - capacité de travailler en équipe et individuellement - lecture et analyse de la littérature scientifique - maîtrise de l'anglais - autonomie Le stage est rémunéré selon les règles en vigueur. Selon les résultats du stage, une poursuite en thèse pourra être envisagée. Niveau: Master 2 Durée: 6 mois Lieu: Orsay Début du stage : Mars ou avril 2017 Pour présenter une candidature: envoyer un CV, la lettre de motivation, le relevé de notes et les contacts de deux référents à thierry.hamon@limsi.fr et natalia.grabar@univ-lille3.fr REFERENCES 1. J. Kozák, M. Necaský, J. Dedek, J. Klímek, and J. Pokorný. Linked open data for healthcare professionals. In Proceedings of International Conference on Information Integration and Web-based Applications & Services, IIWAS'13, pages 400:400-400:409, New York, NY, USA, 2013. ACM. 2. http://www.drugbank.ca/ 3. Duke Med Health News. Grapefruit: enemy of many medications. in some patients, the interaction of fruit and drug may put their life and health at risk. Duke Med Health News, 19(2):1-2, 2013. 4. D. Greenblatt and H. Derendorf. Grapefruit-medication interactions. CMAJ, 185(6):507, 2013.