Proposition de stage à l'IBISC :
Sujet de stage : Aide à l'annotation d'articles scientifiques

Contexte
QKDB (http://physiome.ibisc.fr/qkdb) est une base de données sur la
physiologie du rein, qui décrit 300 articles scientifiques. Les
informations contenues dans cette base donnent, pour chaque article,
des détails sur les expériences et les résultats décrits dans
l'article : espèce concernée, organe, différentes mesures
effectuées... Ces informations ont été introduites manuellement dans
la base, après lecture de chacun des articles par un expert du
domaine.

Sujet
L'objet du stage est l'aide à l'annotation d'articles scientifiques
pour l'intégration dans la base de données QKDB en repérant
automatiquement les éléments du texte qui décrivent les informations à
ajouter dans la base. A cette fin, il s'agit de constituer une base de
référence contenant les textes dans lesquels seront annotés les
éléments déjà présents dans la base QKDB. En effet, actuellement, on
retrouve les articles qui répondent à une requête, mais on ne sait pas
où l'information est donnée dans l'article.

Il s'agira ainsi de revenir au texte à partir des informations de la
BD en :
- transformant les articles de pdf en texte. On partira d'outils 
  existants qu'il faudra améliorer ;
- projetant les données de la BD dans les textes, en utilisant là
  aussi des outils existants (reconnaissance d'entités numériques et
  reconnaissance de termes) afin de reconnaître la manière dont les
  attributs et les valeurs de la base sont formulés dans les textes.

La base de référence ainsi constituée devra permettre de mettre en
place un outil d'extraction automatique des données sur la physiologie
du rein.

Informations pratiques
Lieu du stage : IBISC, Tour Evry2, Evry 
(http://www.ibisc.univ-evry.fr/), équipe AMISBIO (http://amisbio.ibisc.fr)
Responsables : Brigitte Grau, Anne-Laure Ligozat
Durée : 5 mois
Niveau : M2 ou dernière année d'école d'ingénieur
Stage rémunéré