*Proposition de stage Master 2 IEV 2024*

*Extraction d'Information sur les maladies transmises par vecteurs chez
les plantes*

*/Information extraction on vector-borne diseases in plants from the
literature/*

*Lieu* : unité MaIAGE, Centre de recherche INRAE de Jouy en Josas,

*Durée* : 5 à 6 mois entre février et août 2024

*Contacts : *

-   Claire Nédellec (équipe Bibliome, unité MaIAGE, INRAE
    https://maiage.inrae.fr/), Jouy-en-Josas.
    claire.nedellec@inrae.fr

-   Vincent Guigue (équipe EkINOCs, unité MIA-Paris-Saclay,
    AgroParisTech) Palaiseau.
    vincent.guigue@agrosparistech.fr

-   Nicolas Sauvion (équipe FORISK, unité PHIM, INRAE),
    Montpellier.
    nicolas.sauvion@inrae.fr

*Sujet du stage*

Le projet porte sur l'extraction automatique de relations biologiques à
partir de documents. Il ciblera en priorité trois espèces particulières
de psylles (insectes piqueurs suceurs) vecteurs de bactéries
responsables de maladies des arbres fruitiers. Les événements
représentant les interactions biologiques entre microbe, insecte,
plante et leurs lieux et dates d'observation sont dénotés dans les
textes scientifiques par des formulations complexes variables qui
portent fréquemment sur plusieurs phrases. L'enjeu sera d'extraire ces
événements (relations n-aires) par des méthodes d'apprentissage profond
(/deep learning, language model/) avec un nombre limité d'exemples
produits manuellement et à l'aide bases de connaissance externes.


*Profil*

-   Master 2 en Informatique, orienté Traitement Automatique des
    Langues et/ou Apprentissage automatique
-   Expérience de /deep learning/
-   Expérience en TAL et/ou utilisation de la bibliothèque HuggingFace
-   Maîtrise de l'anglais ou français courant.
-   Compétences techniques requises : Python et/ou Java
-   Intérêt pour les applications en biologie et le travail
    interdisciplinaire.

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En savoir plus :
https://maiage.inrae.fr/sites/default/files/2023-12/Stage%20IEV.pdf