Note :

On considère à ce stade qu'il n'y a, dans l'organisation de PI qu'un seul niveau d'inclusion : soit une pré-isotopie est terminale, soit elle ne contient que des pré-isotopies terminales.

Soit, , tel que tel que , si est le taxème correspondant au sème se', on applique l'opérateur .

À ce stade, l'intégralité de la structure organisée par PI est traduite par l'ensemble T et la fonction I. Les ensembles S et SE sont inchangés.

Aucun nouveau taxème n'est créé durant cette étape. Sont générées uniquement des isotopies servant à caractériser les domaines.